Příspěvková organizace disponuje s těmito peněžními fondy:

1. Rezervní fond. Rezervní fond se tvoří se zlepšeného hospodářského výsledku podle, z přijatých peněžních darů a z peněžních prostředků poskytnutých ze zahraničí. Prostředků rezervního fondu lze použít k úhradě zhoršeného hospodářského výsledku, k úhradě sankcí, k doplnění fondu oběžných aktiv, který je zdrojem krytí oběžných aktiv příspěvkové organizace, zejména v případě potřeby zvýšení stavu oběžných aktiv v důsledku provozování jiné činnosti, k doplnění fondu reprodukce majetku se souhlasem zřizovatele, k překlenutí časového nesouladu mezi výnosy a náklady.
2. Fond reprodukce majetku se tvoří z odpisů hmotného a nehmotného dlouhodobého majetku, z přídělu ze zlepšeného hospodářského výsledku, výnosy z prodeje dlouhodobého movitého hmotného a nehmotného majetku, z darů a z výnosů povolených veřejných sbírek určených na pořízení a technické zhodnocení hmotného a nehmotného dlouhodobého majetku, z výnosů z prodeje nemovitého majetku, který příspěvková organizace nabyla ve prospěch státu darem nebo děděním, prostředky poskytnutými ze zahraničí určenými účelově na pořízení a technické zhodnocení hmotného a nehmotného dlouhodobého majetku. Prostředků fondu reprodukce majetku se používá na financování pořízení a technického zhodnocení hmotného a nehmotného dlouhodobého majetku, jako doplňkového zdroje financování oprav a udržování hmotného a nehmotného dlouhodobého i krátkodobého majetku a na pořízení hmotného a nehmotného krátkodobého majetku, k úhradě úvěrů.
3. Fond odměn, který je tvořen přídělem ze zlepšeného výsledku hospodaření, přitom jsou stanoveny limity pro výši přídělu do fondu odměn. Z fondu se hradí případné překročení prostředků na platy.
4. Fond kulturních a sociálních potřeb je tvořen základním přídělem na vrub nákladů příspěvkové organizace z ročního objemu nákladů zúčtovaných na platy a náhrady platů, popřípadě na mzdy a náhrady mzdy a odměny za pracovní pohotovost, na odměny a ostatní plnění za práci.. Fond kulturních a sociálních potřeb je naplňován zálohově z roční plánované výše v souladu s jeho schváleným rozpočtem. Je tvořen k zabezpečování kulturních, sociálních a dalších potřeb a je určen zaměstnancům. Hospodaření s fondem kulturních a sociálních potřeb stanoví ministerstvo vyhláškou (114/2002 Sb.).