Systém CERTIS je založen na následujících principech :

- brutto zúčtování v reálném čase – zpracování a vypořádání každé operace se provádí kontinuálně v reálném čase
- přímé bilaterální vztahy mezi centrálou dané banky a zúčtovacím centrum ČNB
- zúčtování probíhá na účtech mezibankovního platebního styku vedených v ČNB
- neodvolatelnost položek akceptovaných zúčtovacím centrem
- na účtech mezibankovního platebního styku není povoleno debetní saldo
- ČNB poskytuje obchodním bankám vnitrodenní úvěr na jejich plánovaný předpokládaný nedostatek prostředků zajištěný cennými papíry banky v systému SKD
- Nekryté platby nejsou ani realizovány ani odmítnuty, ale drženy ve frontě
- Zpracování různých typů transakcí
- Poskytování úvěru přes noc ze strany ČNB
- Zúčtovací centrum zpracovává pouze transakce v českých korunách

Vnitrobankovním systémem ČNB pro zajištění jejího vlastního účetnictví a platebního styku je tzv. ABO, je zároveň systémem, ve kterém jsou vedeny a spravovány veškeré účty státního rozpočtu.

Systém krátkodobých dluhopisů nahradil dne 9.12.2002 původní systém TKD – je systémem, který zajišťuje zákonem stanovenou evidenci cenných papírů a vypořádání obchodů s cennými papíry v této evidenci.

Základní funkce SKD zajišťuje zejména
- evidenci dluhopisů podle jejich emitentů a majitelů
- evidenci účastníků SKD
- primární prodej státních dluhopisů
- dluhopisů ČNB a dalších krátkodobých dluhopisů v rámci SKD
- provádění příkazů účastníků k registraci skutečností týkající se dluhopisů v SKD
- vypořádání obchodů s dluhopisy v SKD
- ...

Z hlediska fungování SKD se účastníci dělí na agenty a klienty, klienti se účastní činností SKD prostřednictvím agentů

Jednou z důležitých funkčností je prostřednictvím SKD umožnit bankám, které jsou klienty SKD, možnost čerpání bezúročného vnitrodenního úvěru, který jim poskytuje ČNB pro operace v systému CERTIS.

Projevem stále vyššího zapojování ČR do standardních forem spolupráce v rámci mezinárodního bankovnictví je zahájení využívání tzv. IBANu, které vyplývá z vstupu ČR do EU. Podle nařízení mají všechny banky povinnost uvádět číslo účtu ve formátu IBAN a BIC kód banky na výpisu z účtu. Důvodem zavádění IBANu je podpora automatizovaného zpracování přeshraničních příkazů a snížení chyb z důvodu nesprávně zadaného čísla účtu.